Door de jaren zijn er diverse “one off a kind” versies van de GT500 gebouwd. Sommige werden verloren gewaand, anderen zijn alom bekend, maar altijd uniek. Dit zijn de meest unieke Shelby GT500’s:

• Chassisnummer 0131 is de enige Shelby GT-coupé ooit gebouwd. Waar alle GT500’s fastback modellen zijn, was dit de enige met een hoog dak. Afwijkende modellen (veelal testmodellen) werden na de tests gesloopt onder toezien van de Ford fabrieken. Deze auto was een test prototype en dan werd dan ook verloren geacht, tot de originele auto (wonder boven wonder) in 2018 werd herontdekt op een boerderij in Texas. Waarschijnlijk heeft één van de medewerkers de auto (al dan niet illegaal) gered van de sloop;
• Van de GT500 werd ooit één cabriolet prototype versie gebouwd; VIN nummer 0139. Wegens extra ontwikkeling- en productiekosten werd besloten in 1967 geen cabriolets meer van de GT500 te bouwen, dus de 0139 is de enige GT500 cabriolet ooit gebouwd. De auto bestaat overigens nog steeds en bevindt zich in het Volo Car Museum in Illinois, Amerika. Omdat dit slechts één enkele, originele GT500 is, behoort deze tot de meest waardevolle Shelby’s ooit gebouwd. De auto is echter nooit te koop gekomen en de waarde is dan ook onbekend. Overigens was dit prototype wél de basis waarop Ford en Shelby in 1968 de GT500KR cabriolet bouwden, waarvan er 318 werden gebouwd.
• Naast de enige cabriolet GT500 ter wereld, bestaat er ook één GT500 met de bekende 427 motor uit de legendarische Ford GT40 race auto van LeMans. De auto wordt ook wel de “Super Snake” genoemd en is uitgerust met een 427 FE GT40-racemotor welke 650 pk levert. Dat is ruim 300 PK meer dan de standaard GT500. Deze unieke “Super Snake” auto is een “Wimbledon white” auto, met de aluminium 10 spaaks velgen, en aan de buitenzijde ogenschijnlijk identiek aan de gewone GT500. De Super Snake werd op de Indianapolis-veiling van Mecum in 2013 verkocht voor liefst $ 1,3 miljoen, en in 2019 werd de auto wederom verkocht, ditmaal voor $ 2,2 miljoen! Zie ook https://www.roadandtrack.com/car-culture/classic-cars/a25472934/1965-shelby-gt500-super-snake-for-sale/